IMPORTANTE: leer las recomendaciones acerca del funcionamiento de cada servicio.


 

ANALISIS DE EXPRESIÓN GÉNICA: AFFYMETRIX

Introducción

 

Introducción

Los microarrays de Affymetrix se obtienen mediante la síntesis de oligonucleótidos de 25 bases de longitud utilizando la técnica de fotolitografía sobre una superficie de cuarzo.

Las muestras de RNA se marcan con biotina y cada muestra se hibrida en un array independiente. Para su procesamiento se utiliza la Estación de fluidos 450. La Unidad dispone del Scanner modelo "3000 7G" para la captura de la imagen.

 

Los microarrays de expresión génica detectan la región 3´del tránscrito.


 

Recientemente, Affymetrix ha desarrollado otro tipo de chips (Exon arrays) para estudios de expresión génica a nivel de exones y para el análisis de "splicing" alternativo.


 

También han desarrollado "Tiling arrays" para análisis de mapeo transcripcional, ChIP-chip y otros estudios a nivel genómico.


 

 

Qué ofrecemos


La Unidad hibrida y analiza de forma rutinaria los GeneChips® de análisis de expresión génica usando los chips con sondas 3´.
Para la utilización de cualquiera de los otros chips, contacten con Irene López-Vidriero (vidriero@cnb.csic.es)

 

Lista de Productos (visitar productos de expresión génica en link de Affymetrix)

 

Funcionamiento
El usuario enviará las muestras preprocesadas (ver protocolos y requerimientos) junto con el formulario de pedido debidamente cumplimentado.
A su llegada a la Unidad se procederá a la cuantificación de éstas así como a la determinación de su integridad por medio del Bioanalyzer2100. En caso que las muestras no pasen un mínimo de calidad exigible se le comunicará al usuario junto con una explicación y recomendaciones para la obtención de muestras adecuadas.
Si las muestras reúnen las condiciones adecuadas se procederá a su procesamiento normal.
Una vez terminado el experimento y obtenido los datos de su análisis estos serán comunicados al usuario.

Cualquier duda acerca de este análisis podrá ser consultada tanto en persona, e-mail o teléfono con la persona responsable de la ejecución del experimento.

 

 

 

Entrega de resultados

El análisis bioinformático se realizará mediante la aplicación de los algoritmos estadísticos más apropiados (LiMMA) y los resultados se suministrarán mediante una carpeta del visualizador FIESTA desarrollado en el Centro Nacional de Biotecnología (http://bioinfogp.cnb.csic.es)