Contacto con la Unidad de Genómica
Correo ordinario:

Laboratorio de Genómica B5

Centro Nacional de Biotecnología, CSIC

Campus de Cantoblanco UAM

C/ Darwin 3

28049 Madrid

Teléfono: 91 5855445

 

Guía de funcionamiento del servicio

El usuario realiza la petición de servicio cumplimentando debidamente el Formulario de Solicitud. Una copia impresa de éste ha de ser incluido en el envío de las muestras por correo.
La Unidad de Genómica le comunicará vía email la recepción de las mismas así como cualquier problema que pueda surgir tras los controles de calidad realizados sobre éstas.
Al término del experimento la Unidad de Genómica le comunicará al usuario la finalización de éste y se le enviarán los resultados. Cualquier consulta o aclaración que pueda surgir lo podrá hacer con el responsable de la ejecución del experimento.

 

 

Recomendaciones en diseño experimental en expresión génica

Lo más importante en este tipo de experimentos es el planteamiento de un buen diseño experimental que consiga responder a la pregunta principal que el investigador persiga en cuestión.
El diseño incluye entre otros aspectos; qué buscamos con la realización del experimento, su posibilidad de realización, el planteamiento básico de éste y sus costes, definición de controles y muestras a comparar, número de hibridaciones a realizar, número de réplicas...
Un buen diseño además de ahorrar tiempo y dinero, consigue que los datos obtenidos se ajusten al interés particular del investigador.

 

Si desea o necesita asesoramiento acerca de este aspecto tan fundamental no dude en ponerse en contacto con el personal de la Unidad.

 

 

Recomendaciones en envío de muestras

Todas las muestras deberán estar identificadas acorde al formulario enviado (recomendamos un mínimo de 3 caracteres para evitar posibles confusiones).
Los RNAs para análisis de expresión génica deben enviarse purificados por columna, disueltos en agua y congelados en nieve carbónica. Para análisis por bioanalyzer no hace falta purificación por columna aunque es recomendable para evitar artefactos.

 

Cantidades requeridas

La Unidad recomienda el uso de Trizol (Invitrogen, 15596-026) para la extracción de RNA y columnas de purificación (Qiagen RNeasy, cat-74104 ) para su limpieza.

Affymetrix:
Recomendable no menos de 5 µg de RNA por Microarray para eucariotas y 10 µg para procariotas, en un volumen minimo de 10 microlitros de agua libre de RNAsas.
Si la disponibilidad de muestra es problemática, contactar con la unidad para posibles alternativas.

 

Microarrays 2 colores

Para organismos procariotas:
Se requiere un mínimo de 20 µg de RNA total por muestra una vez purificado por columna. La concentración mínima es de 200 ng/µl. La unidad recomienda el envío de 50 µg puesto que hay diferentes requerimientos dependiendo del organismo en cuestión.
Para organismos eucariotas:
La cantidad que se requiere de cada muestra es un mínimo de 4 µg por muestra de RNA total purificado por columnas a una concentración mínima de 200 ng/µl.
En casos donde la obtención de muestra sea complicada consultar con la Unidad.

 

Bioanalyzer

RNA Nano Chip: Se requiere una concentración mínima de 200 ng/µl y máxima de 1000 ng/µl en un volumen de no menos de 4 µl. Los RNAs deben enviarse disueltos en agua y congelados en nieve carbónica.

 

 

Recomendaciones básicas en manejo de RNA

A la hora de trabajar con RNA, deben tomarse las máximas precauciones para evitar contaminaciones con RNasas y la degradación del RNA. Es importante trabajar en un ambiente libre de RNasas, y debe tratarse el material para su eliminación. Deben usarse guantes a lo largo de todo el proceso.

Para experimentos de expresión génica es de suma importancia que las muestras (control y experimental) sean extraídas en condiciones exactamente iguales.
 
Durante la extracción se debe intentar trabajar lo más rápido posible, con el fin de evitar la degradación del RNA durante la manipulación.

Se recomienda resuspender el RNA en H20 MilliQ tratada con DEPC o con H20 libre de RNasas, (botellas autoclavadas a 230ºC durante 3 horas y tapones lavados con NaOH 0.1N durante 5 minutos) para evitar degradación y en tubos autoclavados.
Con el fin de obtener los mejores rendimientos, deben usarse muestras frescas como material de partida. Si es necesario acumular muestra (células, tejidos...) es posible congelarlas tras su recogida en nitrógeno líquido y almacenarlas a -70 ºC. Otra posible opción para acumular tejido de una forma eficaz, previo a la extracción del RNA, es utilizar "RNA later" (Ambion #7020). Éste es un producto que permite el almacenamiento de muestras a 4ºC por una semana o un mes a -20ºC. Seguir instrucciones indicadas por el fabricante.

 

Formularios

IMPORTANTE: RELLENAR TODOS LOS CAMPOS DE LOS FORMULARIOS.
Formularios con campos sin rellenar serán puestos en espera hasta que el usuario proporcione la información requerida.

 

- Solicitud de Análisis de expresión génica AFFYMETRIX

 

- Solicitud de Análisis de expresión génica Microarrays 2 COLORES

( Esta solicitud es también válida para experimentos donde el usuario suministra el microarray)

 

- Solicitud de Análisis de RNA Bioanalyzer 2100